Phong trào kháng cách nổ ra đã lên án Giáo hoàng như là những kẻ tham nhũng và mô tả Giáo hoàng như là những người chống lại Chúa Giêsu. Chính điều này đã thúc đẩy một sự thay đổi trong nội bộ Giáo Hội. Các Giáo hoàng đã bắt đầu một cuộc canh tân Giáo Hội (1560-1648) nhằm kêu gọi những người Kháng cách và bắt đầu một cuộc cải tổ trong lòng Giáo hội.

Giáo hoàng Paul III (1534-1549) đã khai mạc công đồng Trent (1545-1563), công đồng này đã khẳng định thẩm quyền của Giáo hoàng trong các tín điều, người đã cố gắng hòa giải với những người Kháng cách và chống lại các Giám mục Pháp và Tây Ban Nha phản đối yêu sách của Giáo hoàng.

Dần dần, các Giáo Hoàng đã mất dần quyền thế tục và chỉ tập trung vào những vấn đề thuộc tinh thần.. Những đòi hỏi về quyền của Giáo hoàng trong lĩnh vực tinh thần đã từng được làm sáng tỏ ngay từ thế kỷ thứ nhất. Năm 1870, tại công đồng Vatican I đã công bố tín điều về quyền bất khả ngộ của Giáo hoàng trong một số trường hợp khi Giáo hoàng công bố từ ngai của ông (hay "từ ghế của Phê-rô) về một định nghĩa chân xác của đức tin hay luân lý. Quyền tối thượng của thánh Phê-rô và tính vĩnh viễn của quyền tối thượng này của Tòa Giám mục Rô-ma được xác định bằng tín lý trong các khoản luật gắn liền với hai chương đầu của Hiến chế "Pastor Aeternus" (Mục tử muôn đời).

Trong việc long trọng định rõ lại vai trò đứng đầu của Phêrô, Công Đồng Vatican I đã trích dẫn ra ba đoạn văn cổ điển từ Sách Tân Ước, để đính kèm, gồm: Tin Mừng theo Thánh Gioan, chương 1, câu 42: "Ông đưa Simôn đến với Đức Giêsu. Đức Giêsu nhìn Simôn mà nói: "Ngươi là Simôn, con của Gioan, ngươi sẽ được gọi là Kêpha - nghĩa là: Đá." Và chương 21, câu 15: "Khi họ đã lót lòng rồi, Đức Giêsu nói với Simôn Phêrô: "Simôn, con của Gioan, ngươi có mến Ta hơn các kẻ này không?" Simôn thưa với Ngài: "Vâng, lạy Chúa, Ngài biết con yêu mến Ngài!" Đức Giêsu nói với ông: "Hãy chăn giữ chiên của Ta!". Và trên tất cả vẫn là Tin Mừng theo Thánh Máthêu, chương 16, câu 18: "Và Ta, Ta bảo ngươi: "Ngươi là Đá và trên Đá ấy, Ta sẽ xây Hội Thánh của Ta, và quyền lực âm phủ sẽ không thắng nổi."

Sau đó vào năm 1870, Victor Emmanuel II đã chiếm Roma từ quyền của Giáo hoàng và thực chất là sự thống nhất trọn vẹn quốc gia Italy. Giáo hoàng đã cho rằng vùng đất của mình bị chiếm mất và ủng hộ cho Giáo hoàng độc lập.

Vào năm 1929, các hiệp ước Lateran giữa Ý và Giáo hoàng Pius XI đã thiết lập nên quốc gia Vatican và đảm bảo quyền độc lập vĩnh viễn cho các Giáo hoàng. Vào năm 1950, Giáo hoàng đã tuyên bố việc Đức Maria đồng trinh như một tín điều phải tin, đây là lần duy nhất mà một Giáo hoàng đã tuyên bố từ ngai của ông để xác định rõ ràng một cách chân xác về việc không thể sai lầm của Giáo hoàng.

Công Đồng Vatican II do Giáo hoàng Gioan XXIII triệu tập và được khai mạc vào ngày 11.10.1962 và kết thúc vào năm 1965 dưới triều Giáo hoàng Paul VI. Trong số 16 văn kiện của Công đồng có bốn hiến chế về mạc khải phụng vụ và hai hiến chế về Giáo hội làm nền tảng cho các văn kiện khác. Trong đó hiến chế tín lý về Giáo hội tiếp tục khẳng định thẩm quyền của Giáo hoàng. Công đồng khẳng định rằng Chúa Giêsu Kitô đã trao ban vị trí đứng đầu Giáo hội chỉ cho Phêrô mà thôi.

Học thuyết về quyền của thánh Phê-rô vẫn là một vấn đề được tranh luật và tiếp tục gây chia rẽ Giáo hội Đông – Tây cũng như những người Kháng cách với Rome.